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Aktuell und in der Vergangenheit hat FaunAlpin und seine Mitarbeiter u.A. mit folgenden Partnern zusammengearbeitet:
- Bundesamt für Umwelt BAFU, Abt. Arten, Ökosysteme, Landschaften
- Jagdinspektorat des Kantons Bern
- Abt. Naturförderung des Kantons Bern
- Amt für Geoinformation des Kantons Bern
- Amt für Wasser & Abfall des Kantons Bern
- Abteilung Jagd & Fischerei des Kantons Solothurn
- Sektion terrestrische Fauna und Jagd des Kantons Fribourg
- Centre de Conservation de la faune et de la nature du Canton de Vaud
- Amt für Jagd & Fischerei des Kantons Graubünden
- Amt für Natur, Jagd & Fischerei des Kantons Schwyz
- Jagd- & Fischereiverwalterkonferenz der Schweiz JFK
- WildARK Wildtierbiologischer Arbeitskreis, Bern
- Wildtier Schweiz, Zürich
- Hintermann & Weber AG, Rodersdorf & Reinach
- IMPULS AG – Wald Landschaft Naturgefahren, Thun
- Bureau NATURA – biologie appliquée, Les Reussilles
- SWILD – Stadtökologie, Wildtierforschung, Kommunikation
- Burger & Liechti GmbH, Ennetbaden
- WLS.ch – WildLife Solutions, Fribourg
- Sigmaplan AG - Raum Umwelt Verkehr Informatik, Bern
- UNA - Atelier für Naturschutz- und Umweltfragen, Bern
- Schweizerische Vogelwarte Sempach
- Biberfachstelle Schweiz, Neuchâtel
- Centre Suisse de la Cartografie de la Faune CSCF, Neuchâtel
- KORA, Muri b. Bern
- Wieselnetz WIN
- Fledermausschutz Kanton Bern
- Stiftung zum Schutz unserer Fledermäuse in der Schweiz SSF
- Zürcher Hochschule für angewandte Wissenschaften ZHAW, Wädenswil, Fachstelle Wildtier- & Landschaftsmanagement WILMA
- Berner Fachhochschule für Technik & Informatik BFH-TI, Burgdorf
- Universität Bern, Abt. Conservation Biology
- Universität Bern, Zentrum für Fisch- & Wildtiermedizin FIWI
- Naturhistorisches Museum der Burgergemeinde Bern
- Muséum d’histoire naturelle de la ville de Genève
- Bündner Naturmuseum, Chur
- Schweizerischer Nationalpark
- Schw. Gesellschaft für Wildtierbiologie SGW
- Pro Natura Bern
- Hallo Biber Mittelland
- Berner Tierschutz
- Schweizer Tierschutz STS
- Berner Jägerverband BEJV
- RevierJagd Solothurn
- Schweizer Alpen-Club SAC
- Schweizerischer Hängegleiterverband SHV
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